本工作参加全国大学生生命科学竞赛(科学探究类),所有分析代码均为原创,现开源分享,供评委审阅及同行交流。
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📁 代码文件说明
本分析共包含3个核心R脚本,对应实验记录中的3个分析步骤:
| 文件名 | 功能 | 对应实验步骤 |
|---|---|---|
01_数据预处理.R | 数据合并、离群值处理、KNN填充 | 11.1 |
02_差异分析.R | 基于EAA分组的粪便菌群差异分析 | 11.2 |
03_PCA.R | PCA计算与作图 | 11.3 |
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🔧 使用环境
- R版本:≥ 4.2.0
- 依赖包:dplyr, tidyr, openxlsx, data.table, ggplot2, mgcv, ggpubr, stringr, readxl, writexl, tidyverse, doBy, pls, FactoMineR, factoextra, mixOmics, limma, sva
# 一键安装所有依赖
install.packages(c("dplyr", "tidyr", "openxlsx", "data.table",
"ggplot2", "mgcv", "ggpubr", "stringr",
"readxl", "writexl", "tidyverse", "doBy",
"pls", "FactoMineR", "factoextra", "mixOmics"))
BiocManager::install(c("limma", "sva"))