news 2026/5/8 7:28:11

【生命科学竞赛代码分享】表观遗传时钟分析:基于表观遗传年龄加速(EAA)分组的粪便菌群(宏基因组测序)差异分析

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张小明

前端开发工程师

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【生命科学竞赛代码分享】表观遗传时钟分析:基于表观遗传年龄加速(EAA)分组的粪便菌群(宏基因组测序)差异分析

本工作参加全国大学生生命科学竞赛(科学探究类),所有分析代码均为原创,现开源分享,供评委审阅及同行交流。

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📁 代码文件说明

本分析共包含3个核心R脚本,对应实验记录中的3个分析步骤:

文件名功能对应实验步骤
01_数据预处理.R数据合并、离群值处理、KNN填充11.1
02_差异分析.R基于EAA分组的粪便菌群差异分析11.2
03_PCA.RPCA计算与作图11.3

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🔧 使用环境

- R版本:≥ 4.2.0
- 依赖包:dplyr, tidyr, openxlsx, data.table, ggplot2, mgcv, ggpubr, stringr, readxl, writexl, tidyverse, doBy, pls, FactoMineR, factoextra, mixOmics, limma, sva


# 一键安装所有依赖
install.packages(c("dplyr", "tidyr", "openxlsx", "data.table",
"ggplot2", "mgcv", "ggpubr", "stringr",
"readxl", "writexl", "tidyverse", "doBy",
"pls", "FactoMineR", "factoextra", "mixOmics"))

BiocManager::install(c("limma", "sva"))

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