作者，Evil Genius
今天我们继续分子动力学：平衡电荷。
前面的过程我们设置了溶剂盒子并添加溶剂，生成了solv.gro文件。
这个过程分两步走。
第一步：gmx grompp。
gmx grompp (the gromacs preprocessor)读取分子拓扑文件,检查文件的有效性，将拓扑从分子描述扩展为原子描述。拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息，预处理器根据需要复制每个分子。分子类型的数量没有限制。键和键角可以转换为约束，分别用于氢和重原子。然后读取坐标文件，如果需要，可以从麦克斯韦分布生成速度。gmx grompp还读取gmx mdrun的参数(例如MD步数、时间步长、截止值)和其他参数，例如NEMD参数，这些参数经过校正以使净加速度为零。一个二进制文件，可以作为MD程序的唯一输入文件。
我们还是来看看参数
-f [<.mdp>] (grompp.mdp) grompp input file with MD parameters -c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr -r [<.gro/.g96/...>] (restraint.gro) (Opt.) Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr -rb [<.gro/.g96/...>] (rest
