论文
Microbiomes in the Challenger Deep slope and bottom-axis sediments
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29144-4#code-availability
对应代码链接
https://github.com/ucassee/Challenger-Deep-Microbes
论文里提供了大部分图的数据和代码，很好的学习材料，感兴趣的同学可以找来参考，今天的推文重复一下论文中的Figure3b
示例数据集部分截图
image.png
读取数据
dat01<-read.delim("data/20220602/NC_Figure3b.txt", header=TRUE, check.names = FALSE, sep="\t", stringsAsFactors = TRUE) head(dat01) table(dat01$Group) dat01$gene<-factor(dat01$gene, levels = dat01$gene)作图代码
library(ggplot2) library(scales) ggplot(data=dat01,aes(x=gene,y=mean_value,color=Group))+ geom_pointrange(aes(ymin=min_value,ymax=max_value), show.legend = FALSE)+ scale_y_continuous(trans = log10_trans() ,breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^x), labels = trans_format("log10", math_format(10^.x)))+ scale_color_manual(values=c("#BB3D00","#6F00D2","#D9006C", "#005AB5","#00DB00","#3D7878","#D9B300"))+ theme_bw() + theme(panel.background=element_rect(fill="white",colour="black",size=0.25), axis.line=element_line(colour="black",size=0.25), axis.title=element_text(size=13,face="plain",color="black"), axis.text = element_text(size=10,face="plain",color="black"), axis.text.x = element_text(angle = 60, hjust = 1, vjust =1), #legend.position="none" )+ labs(x=NULL,y="TMP of genes")image.png
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